The documents are not in order.
書類が順番になっていない。
*in order = 順番に
The documents are not organized.
書類が整理されていない。
The documents are mixed up.
書類がバラバラに混じっている。
例文:
The documents are not in order. They're all mixed up!
書類が順番通りになっていない!全部混じってる!
バラバラの書類を「順番通りに並べる」と言いたいときは、以下の言い方を
参考にしてみてください。
I want to have the documents in order.
「書類を順番通りに並べてほしい」
I want to have the documents in the way it's supposed to be.
直訳すると、「書類を本来あるべき形にしてほしい。」という意味ですが、
決まった並び順がある場合、その並び順に従って、という意味です。