You may use it at anytime, but it has to be the same time every day.
いろいろな言い回しができるかと思いますが、「いつでもいいけれど毎日同じ時間に使ってください」という例文にしてみました。
点鼻薬ということで動詞をuseにしましたが、内服薬の場合はtakeを使うとよいでしょう。
例）
Please be sure to use it at a certain time every day.（毎日必ず特定の時間に使ってください）
You can take it at anytime, but please make sure you take the medication at the same time every day.（いつでも服用できますが、毎日同じ時間に服用するようにしてください）
日本 
