来ないと思っていましたって英語でなんて言うの？

I thought you wouldn't come. 来ないかと思ったよ。 I thought 〜 で「〜だと思った」です。 maybe とか might とかも加えると「かも」感が強まりますね。 例： I thought you might not come. I thought maybe you weren't gonna come.

「遅れるだろうと思ってました」＝「遅れるだろうと分かっていました」と解釈します。 know(分かる)の過去形knewを使っているので、うしろのwill not come(来ないだろう)も過去形になります。 ここで、knewではなく、thinkの過去形、thought（考えた、思った）を使う場合は「遅れると思ってたのに意外と時間通りに来たのね」という、自分の予想が外れたことを意味することになります。 これは本気で怒っているとき以外は真顔で言わずに、あくまでもおちゃめなジョークとして言うのがポイントですね！