お腹の調子が悪くてビオフェルミンを飲んだって英語でなんて言うの？

例文ではstomachache（腹痛）としてみましたが、「お腹の調子が悪い」を具体的に説明することが多いかと思われます。

下痢＝diarrhea
お腹の張り＝abdominal bloating
便秘＝constipation

bifidus bacillus containing the antiflatulentという表現は、論文などで使用される非常に硬い印象を持つ表現です。

代わりに以下のような表現を使用されるとよいでしょう。
Biofermin has lactic acid bacteria in it.（ビオフェルミンには乳酸菌が入っている）
Biofermin is good for your intestines.（ビオフェルミンは腸にいい）
Biofermin contains probiotics that help relieve constipation.（ビオフェルミンは便秘を緩和するプロバイオティクスを含んでいる）

”I took some probiotic pills for my upset stomach.”
「お腹の調子が良くないのでプロバイオティクスの錠剤を飲みました。」

”The cold weather seems to be making my stomach feel funny. I had to take some lactic bacteria supplements to help with digestion.”
「寒さのせいでお腹の調子が悪いみたい。消化を助けるために乳酸菌のサプリを飲みました。」

＊ Upset stomach: （全般的に）お腹の調子が悪い、お腹が痛い
＊ Stomach: 医学的には「胃」の意味ですが、口語的には「おなか」という意味でも使います
＊ Probiotic: 消化器系を助ける善玉菌の意味で、口語的には主に乳酸菌と同意義です
＊ Pill: 錠剤 （カプセル Capsule、大きめの錠剤はタブレット錠 Tabletなどもあります）
＊ ~ feel funny: 調子が悪い、気分が悪い（"funny" は面白い、という意味を連想されるかもしれませんが feel + funny で、気分が悪いという意味になります。あまり露骨に体調がすぐれないと言いたくない時など、間接的な表現になります）
＊ Lactic bacteria: 乳酸菌
＊ Supplement: サプリメント、サプリ

病院を受診されていて、ビオフェルミンの薬剤的な内容を詳しく説明する訳でなければ probiotic pill / tablet / supplement で十分意味が通じると思います。最近日本でも腸内環境が注目されていますがアメリカでも Gut culture といって健康のために様々な健康法やサプリが話題に上っています。

ご参考になれば幸いです。