The doors are on both sides, but I always get on from the left.
「~なのに」は「~だけど」という逆接の意味ですから、butやalthoughなどで表すことができます。
The doors are on both sides, but I always get on from the left.
「ドアは両側にありますが(あるのに)、私はいつも左側から乗ります」
I always get on from the left side, although the door on the right side is also open.
「右側のドアも開いているのですが、私はいつも左側から乗ります」
ご参考になれば幸いです。