The best way to enable partners is to allow them to deal with opportunities themselves.
Letting partners manage opportunities themselves is the best way to enable them.
「the best way for enabling」より「the best way to enable」の方が自然です。
YOSHIさんが書いた英語の意味は「扱ってもらう」ではなく「扱う」という意味になってしまいます!「もらう」はこの場合で「allow〜to」か「let them」でいいです。
「by themselves」と言ったら「一人で」というニュアンスがあります。そういう意味じゃなければ「by」を除いた方がいいです。この場合では、意味は「一人で」より「私を除いて」という意味だと思います。