You're going to come visit me?=会いに来てくれるの?
visit=訪問する、訪れる
You're going to visit me?でもいいのですが、comeを入れると「来てくれるんだ」と言う喜びと感謝の気持ちがこもります。
You're going to stop by to see me?=会いに来てくれるの?
stop by=立ち寄る
少しの時間だけ会いに来てくれる場合はこう言うフレーズもあります。
この例文に、「see」は「visit」と同じ意味があります。
なぜならば、英語で、もし相手はあなたが言ったことを繰り返ししたら、たぶん相手はあなたの言葉を信じてくれていないみたい状況です。あるいは、相手はあなたが言ったことをほしくないです。
驚いて高い音声で、さらに嬉しい顔で「Really?」、「You are?」、「You're gonna come see me?」というなら、勘違いになれないと思います。
Are you coming to see me? もしくは
really などと付け足して Are you really coming to see me?
期待感を出せばいいと思いますよ。
ちなみにこの場合はmeetよりもseeを使う方が一般的です。
例えば、Nice to meet you は「初めまして」と初めて会う人に使いますが、
nice to see youは二度目、それ以降に人に会うときに使います。