I'm grateful to have been in the same class as you
I'm proud to have been your classmate=あなたのクラスメートになれた事を誇りに思うよ
proud=誇りに思う
まだ留学中の時であればI'm proud to be your classmateですが、その期間が終わってから伝えるのであればto have beenと言いましょう。
I'm grateful to have been in the same class as you=あなたと同じクラスになれて感謝しているよ
grateful=ありがたい
誇らしいとは少し違いますが、感謝の気持ちを伝えたい時にはこのフレーズも役立ちます。