1.は、その状況などを心地よく感じないというときに使います。
I always feel uncomfortable whenever I ride the bullet train.
(私はいつも新幹線に乗ると違和感をおぼえる)
2.は何かが間違っているとか違うと感じる違和感に使えます。
I have a feeling that something is wrong with his explanation.
(私は彼の説明に違和感をおぼえる)
3.は理解しがたいといったニュアンスで使用できます。
I felt uneasy with those words. Felt=feelの過去形
(私はその言葉に違和感を覚えた)
お役に立てば幸いです。