「目の上のたんこぶ」という表現は”a pain in the butt"になります。”pain in the ass"とも言います。
すこしスラングに近いですが、よく使われています。
例文
彼は目の上のたんこぶです。
He is a pain in the ass.
pain in the ass を日本語で直訳すれば「尻の痛み」になりますが、英語の意味としては、「面倒だ、めんどうくさい、鬱陶しいもの」の意味です。
ご参考になれば幸いです。
「目の上のたんこぶ」という表現は「鬱陶しいもの」という意味で使われる慣用句で、英語では "A thorn in one's side." と言います。「thorn」は「とげ」、「side」は「側」という意味です。全体として「側に刺さったとげ」という意味になり、何か鬱陶しくて邪魔なものを指します。
例えば、こんな文で使えます： "My boss is like a thorn in my side." 「私の上司はまるで目の上のたんこぶのような存在だ。」
または： "That problem is a real thorn in my side." 「あの問題は本当に鬱陶しい。」
インド 
アメリカ合衆国 
