痛みがときどきくるって英語でなんて言うの？

「時々」は「sometimes」や「occasional」を使って表現できます。

ですが、「sometimes」も「occasional」もかなりあいまいな言葉なので、更に詳しく話したい場合は補足情報が必要です。

例えば
★ I feel occasional pain in my stomach, about once an hour.
★ Sometimes, I feel pain in my stomach, like when I stand up too quickly or after I eat.

痛みが起こったり止んだりする様子は、on and offと表現することも多いです。

正式な文章で書く表現ではないと思いますが、会話で症状を説明する際にはよく使われる表現です。

I have a stomachache that is on and off.と言うこともできます。

act up というのが便利な表現で
調子が悪くなる、悪さをする、というような
ニュアンスで一度痛めたところなどがまた痛くなるような
ときに act up again
などのように使えます。