It’s by the window は「それは窓のそばにあります」。
It’s near the windowは「それは窓の近くにあります」。
It’s next to the window は「それは窓の横/隣にあります」
距離的に一番近いのは it’s by the window です。窓に行けばすぐ見つかる距離です。
It’s near the window は 窓に行けばその近くにある, ということです。
It’s next to the window, これは窓のデザインによりますが、窓の隣に何かを置くスペースがある場合、こう言えます。
It's by the window も It's near the window も意味は似ていますが、強いていうなら by the 〜 は「近く」であるが「横に、隣に」というニュアンスがあります。 near the 〜 は位置は関係なくただ単に「近い」という意味です。It's next to the window は by the window と似ていて「横に、隣に」という意味です。窓の隣に棚とかがあってその上に何かを置いている場合は it's next to the window と言えます。 it's by the window でも同じシチュエーションで使えますが、もっと無難に窓の近くにあるという印象です。ご参考に!