いくつか異なる表現を挙げてみました。
目立つように印をつける、という場合によく使うのが、mark や highlightという動詞です。回答１・２は、この動詞を使っています。
【回答１】
I found some difference between your document and mine. I marked them in red. Could you please confirm?
あなたの書類と、私の書類に、少し違いを見つけました。赤で印をつけました。ご確認頂けますか？
【回答２】Some figures in your document are not the same as mine. I highlighted them in red. Could you please confirm?
あなたがお持ちの書類にあるいくつかの数字は、私の持っているものと一致しません。赤でハイライトしました。ご確認頂けますか？
もし、あえて「赤丸で囲む」という言い方をされたい場合は、以下のような表現もできますが、回答１・２のような言い方で十分伝わると思います。
【回答３】
それらを赤丸で囲みました。
I put a red ring around them.
今回は、何カ所か印をつけた、という前提でthemという複数系を使いましたが、一か所だけでしたらitなどと置き換えてアレンジしてみてください。
ご参考になれば幸いです！
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば次のような英語表現はいかがでしょうか：
I've circled it in red.
赤で丸をつけました。
ここでの circle は「丸をつける」という意味の英語表現です。
例：
I have the same document but the numbers are a little different. I've circled that part in red.
同じ書類を持っていますが数字が少し違います。その部分に赤丸をつけました。
ぜひ参考にしてください。
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