He has rather distinctive features for a Japanese.
「He has rather distinctive features for a Japanese」と言うと、「彼は日本人としてはかなり特徴的な顔立ちをしている」となります。顔の特徴が一般の日本人のそれとは異なることを意味しています。「He has a deep-set face, which is uncommon for a Japanese」はもう少し直訳に近い言い方で、「彼は日本人にしては珍しく彫りの深い顔をしている」という意味です。
逆に「○○人にしては彫りの浅い顔」と表現したい場合、その国籍を[nationality]の部分に置き換えて使用します。例えば、「She has a less pronounced facial structure for a [nationality]」は、「彫りの浅い」ことを表す「less pronounced facial structure」というフレーズを使っています。