The population of Japan is about a hundred and twenty million people and almost 9 million of them live in Tokyo.
The total population of Japan is one hundred twenty million, 9 million of whom live in Tokyo.
「日本の人口」は the population of Japan と言えます。
「１億２千万人」は a hundred and twenty million や one hundred twenty million と言えます。
例文１の 9 million of them の them は、１億２千万人を指しており「そのうちの900万人」ということになります。
同じ様に、例文２の 9 million of whom の whom も１億２千万人のことで「そのうちの900万人」という意味になります。
ご参考になれば幸いです！
About ten percent of Japan's population lives in Tokyo.
About ten percent of Japan's population lives in Tokyo.
→日本の人口の10パーセントが東京に住んでいる。
日本全体の人口と東京の人口を比較したいのであれば、
上記の言い方ができるかと思います。
回答は一例ですので、参考程度でお願いします。
ありがとうございました
日本 
