「保険を適用するためには、その薬は最低でも20日の間隔をあけて購入しなければならない(ということなんです)」と担当医に説明したかったのですが、かなり説明に手間取ってしまいました。
「間隔をあけて」という意味をいれようとるすと、ごちゃごちゃしてしまい上手くいかないのではないかと思いました。そういう時はおもいきって別の言い方を考えると、上手くいくケースがあります。今回のケースだと、「間隔をあけて」を「待つ」とするのはいかがでしょうか。
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"To be covered by insurance, you must purchase the medication at least 20 days apart." が適しています。"To be covered by insurance" は「保険を適用するために」という意味で、"at least 20 days apart" は「最低でも20日の間隔をあけて」という意味です。
例文としては、
To be covered by insurance, you must purchase the medication at least 20 days apart. (保険を適用するためには、その薬は最低でも20日の間隔をあけて購入しなければなりません。)