I'm afraid it will take some time to wrap this item
最初の例が「こちらの商品はラッピングするのに時間がかかるかもしれません」となります。ここは「may take some time」で時間がかかるかもしれないと言い表してます。
次の例が「恐れ入りながらこの商品をラップングするには時間がかかります」です。ここは「I'm afraid」を使い「恐れ入りながら」との表現になります。
take time で時間がかかる、to wrapで包むことを表します。
「この商品は包むのに少々お時間がかかりますがよろしいでしょうか」のように言いたい時、下記を参考にしてください。
This will take some time to wrap. Is that okay?
some time でいくらか時間がかかることを表します。大丈夫ですかはシンプルに上記のようにいって問題ないです。