They promote good hygiene standards by disposing of all medical instruments once used on a patient
この問題は、単に基準を促進しているのではなく、高い衛生基準を促進しているため、「hygiene」という単語を入れた方がいいですね。
「They promote good hygiene standards by disposing of all medical instruments once used on a patient」をお勧めします。
衛生基準を高めるために患者に一度使用した医療器具は破棄すると言う意味です。
また、高い基準はそのまま訳すと「high standards」になりますが、この様な場合だと「good standards」の方がいいです。
「good standardsの代わりに「good practice」を使うことも可能です。