I stayed at home all day yesterday preparing for my trip
I stayed at home the whole day yesterday preparing for my trip
I stayed at home yesterday and spent the whole day preparing for my trip
確かに考えた文章からだと一日中と昨日が旅行の準備の事を指していて
一日中昨日の旅行の準備をしていましたとなってしまうので違和感が
あると思います。
この場合昨日と一日中を組み合わせるのがポイントです。
昨日家にいて一日中いるので I stayed at home the whole day yesterday と
言います。
Whole day 以外にも all day を使うのが可能です。
(但し、the を付ける必要はありません)
昨日は家にいて一日中旅行の準備をしていましたと言いたい場合は
I stayed at home yesterday and spent the whole day preparing for my trip
と言った感じに分けてもOKです。