It's not that that computer is broken, it's that it sometimes doesn't work well.
「X わけではなく、Y です。」という形の日本語は英語でいうと、
It's not that X, it's that Y と言います。
その英文となる X の文章は
(訳ではなく)it's not that (その PC) that computer (壊れている) is broken,
Yの文章は
(〜です) it's that (その PC) it (たまに調子が悪くなる)sometimes doesn't work well.
です。