She stared at me the whole time I was having lunch.
I had lunch while being stared at by her.
というのは文法的には正しいですが、一番言いたいことが「I had lunch」になってしまいます。
whileなどは「“従属”接続詞」ですから、その後に来る文はワキ役的な意味合いになるのです。
おそらく「じろじろ見ていた」方が大事なんじゃないかと思いますので、
以下のように訳してみました。
She started at me the whole time I was having lunch.
the whole time... は「~の間ずっと」ということですね。