最初の２つには微妙な意味の違いがありますが、いずれも「座席数」を指します。厳密には、"Seating capacity"は実際の座席がいくつあるかということよりも、何人座らせてもよいか（スペース的に、法律的に可能かどうか）を指してるので、車など座席数が少ない場合にも使えます。
例1 Seating capacity of this car is 5. 「この車の座席数は5です」
What's the total number of seats in the theater? 「劇場の合計座席数は何ですか」
一方、"Seating number" は「座席に振られた番号」を指します。
例2
A: What's your seating number? 「座席番号は何ですか」
B: It's 27B.「27Bです」
ご参考になれば幸いです。
日本 
