At least the one saving grace is that it wasn't like he was my soul mate or anything.
う~ん、お別れが大変ですね
At least「せめて」 the one saving grace「一つの恵みを救う」 is that it wasn't like「~なことじゃなかった」 he was my soul mate or anything.「私のソウルメイトってわけじゃない」
one saving graceは悪いことや時代の中に一つのいいこと意味です。同じ意味で「The silver lining{暗い雲の外側がまるでシルバーで明るいことの例え}」、でも使えます
"At least" は「せめてもの」という意味で、ネガティブな状況の中で少しでもポジティブな側面を指摘するときに使われます。
"I never thought he was the one" は「彼を運命の相手だとは思っていなかった」という意味になります。
"the one"は運命の人、つまり理想的な長期的なパートナーを指します。