1) My order number is 123456. Although I received package, one of item (my note book) was missing.
2) I received everything except note book .
1) 注文番号は１２３４５６です。小包は届いたのですが、[商品](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36375/)が一つだけ（ノートブックだけ）入っていなかった。
Although = 〜だけれども、
one of my item 商品が一つ
be + missing = 無くなっている、[見つからない](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/77052/) ＝入っていなかった（小包の場合）
2) ノートブック以外は全て届きました。
*except ＝〜以外は
I received everything besides the screws for my order.
最初の言い方は、Part of my order didn’t come. は、[商品](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36375/)が[一部](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/44054/)足りませんでしたと言う意味として使われていました。
最初の言い方では、Part は、一部と言う意味として使われています。my order は、注文あるいはこの場合は、商品と言う意味として使われていました。didn’t はdid not は、足りませんと言う意味として使われています。
二つ目の言い方は、I received everything besides the screws for my order. は、私の注文はネジ以外届きましたと言う意味として使われていました。
二つ目の言い方では、received everything は、全部(ほか)は届きましたと言う意味として使われています。
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こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば次のような英語表現はいかがでしょうか：
... was missing.
〜がありませんでした。
Part of my order was missing.
注文の一部がありませんでした。
... was not included in the package.
パッケージに〜が含まれていませんでした。
ぜひ参考にしてください。
日本 
アメリカ合衆国 
