「もの」はもちろん「こと」も it と that が代名詞になることがあります。
そして Does it really matter? の it も「そのこと」「そう言うこと」を指しています。
Does that really matter の that は it のと同じく、前に述べた状況・状態・シチュエーション（話題・話していること）を指しています。
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーWhat do you mean by "that"?
「”それ”ってどう言う意味？」
What do you mean by ... ?で「…が意味することはなんですか？」
ーWhat does "that" refer to?
「”それ”って何を指してるの？」
to refer to で「〜に言及する」
ご参考まで！
アメリカ合衆国 
カナダ 
