It's troublesome to convert units between the Japanese metric system and the U.S. customary system.
"I always have trouble changing units of measurement between the Japanese metric system and the U.S customary system."を使うと通じます。
もっと短くて、シンプルな言い方ならこのように言えます:
It's troublesome to convert units between the Japanese metric system and the U.S. customary system.
I always have troubleをIt's troublesome to(~するのが厄介なことです)に変えました。
changeというより、この場合では「換算する」のconvertを使うとベターだと思います。
また、units of measurementをunitsだけでも通じます。