じゃそういうことにしとくって英語でなんて言うの？

if you say soは、直訳すると｢あなたがそう言うなら｣という意味です。 ｢私にはよくわからない/理解できないけど、あなたがそう言うならそうですね。｣というニュアンスを含んでいます。

Whatever you say. には２つの意味があります。 一つ目は If you say so. 「そういうことにとくよ」という意味です。 Whatever you say;「君がいうことなら何でもいいさ」 あきれてもう議論めんどくさいときなど、「まー何でもいいわ」と終わらせる時に使います。 二つ目は「お前がなんといおうともな！」 Whatever you say, it's true that you cheated on me with my best friend. あんたが何て言いつくろったって、あんたが友達と浮気したことは事実じゃない！

直訳は「いいよ。最良の選択肢ではないけどね」です。 thoughは文末につけて、「…なんだけれどもね」というニュアンスです。