「机の中にしまいなさい」という表現は英語で Put it inside your desk. 「それを机の中にしまいなさい」という意味になります。
質問者のフレーズ in the desk は正しいですが、自然な表現にするために "inside" を使うと良いです。また学校の机の場合、"inside your desk" が最も適切です。
他の言い方も紹介します。
・Place it in your desk. 「それを机の中に置きなさい。」
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーPut your books in your desk.
「教科書を机の中にしまいなさい」
in your desk と言うと良いでしょう。
ーPut your books away.
「教科書をしまいなさい」
もし生徒たちが教室で席に着いている状態なら、「しまって」と言うだけで、大抵は机の中にしまうと思います。
ご参考まで!