この場合、次のような言い方ができますよ。
ーPut your books in your desk.
「教科書を机の中にしまいなさい」
in your desk と言うと良いでしょう。
ーPut your books away.
「教科書をしまいなさい」
もし生徒たちが教室で席に着いている状態なら、「しまって」と言うだけで、大抵は机の中にしまうと思います。
ご参考まで!
「机の中にしまいなさい」という表現は英語で Put it inside your desk. 「それを机の中にしまいなさい」という意味になります。
質問者のフレーズ in the desk は正しいですが、自然な表現にするために "inside" を使うと良いです。また学校の机の場合、"inside your desk" が最も適切です。
他の言い方も紹介します。
・Place it in your desk. 「それを机の中に置きなさい。」