prefer は「〜の方を好む」という意味の単語です。I prefer to speak in English というと「私は英語で話す方がいい」という意味です。「日本語より英語の方が良ければ」を英語にすると If you prefer English over Japanese となります。 prefer X over O というフレーズで、「OよりもXを好む」となります。
メールを書く際、「日本語よりも英語のほうがよければ、英語でメールを送ります。」を英語で書く場合は: If you prefer English over Japanese, I will email you in English. となります。
もう一つの言い方としては If English is better for you, I can write in English. です。こちらですと単純に「あなたにとって英語の方が良ければ、英語で書きます」となります。どうぞご参考に。