「あなたと手を繋いでいる時間が好き」
“I like the time when I’m holding hands with you.”
“I like when we’re holding hands.”
「手を繋ぐことが好き」
“I like holding hands.”
「している時間」は英語でthe time when 〜と言います。
「犬と散歩している時間好きです。」
“I like the times when I take the dog out for a walk.”
“I like when I take the dog out for walks.”
...している時間が好きという言い回しはI like the time...で言い表すことができます。その後にどんな時間が好きかを追加していくと...する時間が好きと言えます。
今回はあなたと手をつなぐ時間が好きと言いたいとのことなので、I like the time holding hands with you.と言えば、手をつなぐのが好きなのではなく、手をつなぐ時間が好きと相手に伝えることができるでしょう。