「あなたはどうするべきですか？」と直接聞く場合は、
What should you do?
とします。これに、「あなたは［あなたがどうすべきだと］思いますか」とする場合、do you thinkを疑問詞の直後に入れてあげます。ここで[do you think]のdo youという疑問形がありますので、上のshould youの疑問文語順は、平叙文の形に戻ります。
What [do you think] you should do?
となるわけです。これは応用が効きますよ。
Where [do you think] John is?
（ジョンはどこにいるとあなたは思いますか？）
How old [do you think] Mary is?
（メアリーは何歳だとあなたは思いますか？）
When [do you think] he will come back?
（彼はいつ戻ってくるとあなたは思いますか？）
などなど。
また、修辞疑問文の例として次のような表現もあります。
Who [do you think] you are?
（あなたはあなたが誰だと思いますか⇒何様のつもりだ？）
参考にしていただければ幸いです。
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
先のアンカーさんが回答されているので、ここでは他の例を挙げてみます。
What do you think you should do?
とすると、「どう[するべき](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/665/)だと思う？」
What do you think is the right thing to do?
とすると、「どうするのが正しいと思う？」となります。
参考になれば幸いです。
日本 
