The numbers in document A and document B seem to differ. Could you please double-check?
The numbers in document A and document B doesn't seem to match. Could you please take another look at it?
Seem to：～のように見える
Differ：異なる
Doesn't ｍatch：合わない、一致しない
The numbers in document A and document B seem to differ. Could you please double-check?
書類Aと書類Bの数値が異なるようです。再確認してもらえますか？
The numbers in document A and document B doesn't seem to match. Could you please take another look at it?
書類Aと書類Bの数値が合わないようです。もう一度見て頂けますか？
一つ目は、違うので再確認してくださいとお願いしている口調。二つ目は合わないようですがもう一度見てください、と少しさりげなく言い回しをしたニュアンスです。
ご参考になれば幸いです。
It seems that the numbers for A and B are different, although they shouldn't be. Would you check up on this?
ご質問ありがとうございます。
既に他の回答がありますので、追加情報となります：
"It seems that the numbers for A and B are different,"＝「AとBの数値が違うようです」
"although they shouldn't be."＝「異なっていてはいけないのに。」
"Would you check up on this?"＝「これを確認してもらえますか。」
ご参考に。
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