Can (may/could) I check (confirm) your passports? Both of you please?
Can (may/could) I check (confirm) the passports of both of you?
「お二人とも」の部分の言い方ですが、
回答１では、your passportsと複数形で述べた後に、"Both of you please?"と、「お二人とも」と分かりやすく強調しています。
回答２では、"the passports of both of you?" と、区切らずに続けました。
ご提示をお願いします、と言う場合は"Could you show me...?" でも良いのですが、「（私の方で）確認しても宜しいでしょうか？」と、I を主語にした方がエレガントではないかと思います。
また、Can I ～は良く使われるのですが、ホテルのフロントとのことですので、May I ～、さらには Could I ～という言い方にした方が、より一層丁寧さが増すかと思います。
いかがでしょうか？
ご参考になれば幸いです！
「お二人ともパスポートのご提示をお願いします。」- Can I see both of your passports, please?
二人以上のお客さんがいる場合は:
「皆さんのパスポートのご提示をお願いします。」-
'I would like to see all the guests' passports, please!'
'Can I see all of your passports, please?'
ホテルはよくお客さんのパスポートのコピーをする必要があります:
'Is it alright if I photocopy your passport?' - 「パスポートをコピーしても大丈夫でしょうか。」
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