"What did you just say?"＝「今なんて言ったの？」が一番ダイレクトな言い方かと思います。
"Pardon" や "Excuse me" はよく「失礼します」「失礼しました」という意味で聞くフレーズですが、なにかを聞き落した場合にも「もう一度言ってください」というニュアンスで使えるフレーズです。
"I beg your pardon?" のほうが "Pardon?" だけよりフォーマルな言い方です。
その他「もう一度言ってください」という意味で下記のような言い方があります。
"Can you say that again please?"
"Can you repeat that for me please?"
「ごめんなさい、聞こえなかった（理解できなかった）です」というニュアンスで下記のように言うこともよくあります。
"Sorry I missed that"
とても親しい中であれば "What?" =「なに？」だけが一番よく聞く聞き方かと思います。
日本 
