Please pay with PayPal と言うと一番シンプルに「ペイパルでお支払いください」と言う意味になります。
You can make your payment with PayPal と言うと「ペイパルでお支払いできますよ」と言うニュアンスになります。
海外の注文はペイパルじゃないと支払いができないと言う場合であれば、 International orders must be paid with PayPal 「海外からのご注文はペイパルのみのお支払いとなります」と言います。
どうぞご参考に。