Does it sound strange とか Does it sound weird と言うと「変に聞こえますか?」と言う意味なので Does it sound strange if I use ~ instead of ~? と言うと「〜の代わりに〜を使うと変ですか?」と言う意味になります。「不自然」は英語で unnatural ですが言語の場合はあまり使いません。
または単純に Is it okay to replace ~ with ~? 「〜を〜に置き換えても大丈夫ですか?」と言う聞き方でもオッケーです。
どうぞご参考に。