普通に call を言ってもいいと思います。
I will call you on Skype (LINE など) later.
あとでスカイプ(LINE)で電話する。
Let's talk on Skype (LINE).
スカイプ(LINE)で話そう。
Via も言えますが、日常会話だとあまり使わないと思います。On の方が普通ですね。
Let's talk via Skype.
I use LINE to chat with my friends in other countries.
外国の友達と話すために、LINE を使う。
「internet回線を使った電話」はinternet calling appになります。
少し古い言い方はvoice-over internet protocol (短くてVoIP)とも言われていましたが、
現在はあんまり聞きません。
使うアプリが決まっている場合、例えばSkypeで話す時はcall on Skype、
またはtalk on Skypeになります。talk with Skypeも使う人がいると思いますので、
そちら使っても大丈夫です。
アメリカ合衆国 
