課長だけではなく上司や先輩に何か頼みごとをする際に、すでに「して頂く内容」がお互いに明確な場合は、1番目の Will you, please? (お願い出来ますか?)だけでも十分つたわります。
2番目は動詞が入っている分、明確に何をして欲しいのかを表現しています。 tell them の場合は、彼ら(他の部署の人たち)に伝えて頂けませんか?、discuss with themの場合は、彼らと話をして頂けませんか?、となります。 文の後ろにabout~(例:about the presentation)を付けると、~について(例:プレゼンテーションの事について)~して頂けませんか?となりますので、更に明確に相手側に“何を”して欲しいのかが伝わります。
「他部署との社内的な交渉」(internal negotiation)というのはトピックであって、目的ではないですので、about the internal negotiationには成りにくいです。 どのような交渉をして欲しいのか?を明確にするのが必要です。
例:営業課がプレゼンするように課長から言って下さいよー
Will you tell them to make the presentation from the sales department, please?
Will you please discuss with them to make the presentation from the sales department?
参考になれば幸いです☆