I'm sorry that I can't reply to all your comments.
ご質問ありがとうございます。
「全てのコメントを返信出来なくてごめんなさい」を英語にすると、I'm sorry that I can't reply to all your commentsになります。日本語の文章と同じような表現ですので、すぐ使えるようになると思います。
では、単語を見てみましょう。
I'm sorry ごめんなさい
I 私
can't できない
reply 返信する
to に
all すべて
your あなたの
comments コメント
thatのところなんですが、今回はI'm sorryと次の分を接続するための言葉です。この表現の中に意味が特にありません。
ご参考になれば幸いです。