「最後まで、味方でいてくれてありがとう」は英語で「Thanks for sticking with me to the end.」と言います。「味方でいる」は英語で「being my ally」と訳せますがそんな表現は自然ではないと思いますので「sticking with me」(一緒にいてくれる)のほうがいいと思います。
あなた以外のみんなに馬鹿にされたけど、最後まで、味方でいてくれてありがとう。
Everyone but you made fun of me, so thanks for sticking with me to the end.