「最後まで、味方でいてくれてありがとう」は英語で「Thanks for sticking with me to the end.」と言います。「味方でいる」は英語で「being my ally」と訳せますがそんな表現は自然ではないと思いますので「sticking with me」(一緒にいてくれる)のほうがいいと思います。
あなた以外のみんなに馬鹿にされたけど、最後まで、味方でいてくれてありがとう。
Everyone but you made fun of me, so thanks for sticking with me to the end.
Thank you for always being on my side until the very end.
・Thank you for always being on my side until the very end.
「最後まで、味方でいてくれてありがとう」
be on my side(味方でいる)と until the very end(最後の最後まで)を組み合わせることで言葉にできます。
・Thank you for supporting me through thick and thin.
「どんな困難な時も(最後まで)私を支えてくれて・味方でいてくれてありがとう」という意味の表現です。