ご質問ありがとうございます。
「ネイティブ故の悩み」は英語で言いますと「Troubles as a native speaker」になると思います。
「ネイティブ」は「Native speakers」です。
「故」は「Circumstance」ですが、「As」と訳してみました。
「悩み」は「Troubles」と訳しましたが色んな言い方があります。
「英語のネイティブスピーカーであるからこその悩みがありますか?」は
「Do you have any troubles because you are a native speaker?」になります。
役に立てば幸いです。