I don't understand the relationship between "A" and "B"
what is the connection between "A" and "B"?
こういった場合は「I don't understand the relationship between "A" and "B"」で"AとBの関係性がわからない"と表現できますね。こちらの例では「don't understand」で"○○がわからない、理解できない"となり"関係性"は「relationship」になります。
次の例は"AとBの関係はなんですか?"となりますね。こちらの例では「connection」で"関係、つながり"と表現しています。