「カフェに入ったら、感染防止のためのガラスが席と席の間にあった」というのは When I entered the cafe, there was infection prevention glass between the seats と表現できます。
「仕切り」の他の言い方は divider もあります。
例文 There were infection prevention glass dividers between the seats in the cafe.
「カフェに感染防止のガラス仕切りが席と席の間にありました。」
参考になれば幸いです。