「カフェに入ったら、感染防止のためのガラスが席と席の間にあった」というのは When I entered the cafe, there was infection prevention glass between the seats と表現できます。
「仕切り」の他の言い方は divider もあります。
例文 There were infection prevention glass dividers between the seats in the cafe.
「カフェに感染防止のガラス仕切りが席と席の間にありました。」
参考になれば幸いです。
There are dividers between the seats.
There are glass partitions between the tables.
「仕切り」は英語で divider(パーテーション、仕切り板)や partition(パーティション)と表現します。ガラス製であることを強調したい場合は glass divider や glass partition と言うとより具体的に伝わります。