この書類を送ってだ取引先に連絡したら、その書類はうちからは送らないよって教えられました。そんなシチュエーションでよくわかってなくてごめんなさいと言いたいです。
この場合の「よくわかってなくてごめんなさい」は
Sorry I misunderstood.
My apologies for the misunderstanding.
のように言えるかと思います。
例:
Sorry I'm still new here and don't know how everything works yet.
「すみません、まだここで働き始めて短いので、物事の仕組みがよくわかっていなくて。」
how everything works で「物事がどのように機能するか」
ご参考まで!