この場合の「よくわかってなくてごめんなさい」は
Sorry I misunderstood.
My apologies for the misunderstanding.
のように言えるかと思います。
例:
Sorry I'm still new here and don't know how everything works yet.
「すみません、まだここで働き始めて短いので、物事の仕組みがよくわかっていなくて。」
how everything works で「物事がどのように機能するか」
ご参考まで!