I'm thinking about what I should ask.
(何を質問しようかと考えているところです。)
と言えます。
次の文も便利かもしれません:
I have a question but I'm not sure how to phrase it.
質問はあるけどどう言えば良いのかわかりません。
I need a little time to think.
少し考える時間が欲しいです。
I'm not sure what to ask.
どのような質問が良いのか迷っています。