In an environment where many things are the same, small differences stand out.
この訳は(同質な環境下では少しの違いが目立つ)という意味になり、書いた情報を全部含めてある言い方となります。
「日本に住む人の多くは、肌・髪・瞳の色などの差異が比較的少ないです」という部分は The difference between skin, hair, and eye colour of many people who live in Japan is relatively small で表現することができます。
少し違う存在が浮き立つ = the existence of small differences cheers me up
参考になれば幸いです。