We're in the process of confirming that at the moment.
check と confirm の違いは微妙なのですが、意味がすこし異なっています。
confirm は（もう決めてある・もう指定してあることを確認する）というニュアンスがあります。
check はこのニュアンスはないです。
例文 We're in the process of confirming that at the moment, so please wait a few days.
「現在確認中ですので、数日間で待ってください。」
参考になれば幸いです。
「確認中」は "checking" が一番近いです。"Confirm" は「再度確認する」「合っているか確認する」という意味でも使われます。
例文：
We are checking to see if your wallet is here. 「あなたの財布がここに届いているか確認中です。」
She is checking her locker. 「彼女はロッカーを確認中です。」
ご参考になれば幸いです。
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